不久，山西道监察御史陈嘉猷，邀集同官，一共是八个人，联名上奏，亦是请早日建储。
皇帝疑心王建言没有下文，指使陈嘉猷等人为他接力，大为不悦，便将王的原奏，连同陈嘉猷等人的公折，一并发交内阁议处。
当时内阁的首辅是武英殿大学士马齐，举朝皆知，他是拥护皇八子胤的。
如今王主张复立废太子，与他心里的想法，形成冲突，所以马齐想借刀杀人，提出好些不准轻言立储的口论作根据，将王定了死罪。
复奏送入乾清宫，王在乾清门外待罪，不敢进宫，皇帝却谅解了他，对另一个大学士李光地说：王的话，原不能算错。
不过，他不应该授意言官同奏，言官不能本诸良心、独立行事，成群结党、遇事要挟，是明朝最坏的习惯。
你们把王的处分，拟得太重了，叫他进来，我有话开导他。
于是王奉召入宫，皇帝招手命他跪在御榻前面，说了好久好久的话，声音极低，定罪一事，亦就宽免。
连陈嘉猷等八人，亦无任何罪过——猜想皇帝已将继承大位的皇子，必须年纪较轻，体格壮健这两个条件，告知了王。
及至皇十四子胤祯封为郡王，受命为抚远大将军，特准使用正黄旗纛，等于代替御驾亲征。
满朝文武，皆知大命有归。
如今安藏一事，已经收功。
恰又欣逢登极六十年，意料中将会诏告天下，立皇十四子为皇太子，谁知一无动静，而且众臣上表，三月十八日万寿，请准朝贺，皇帝亦复不评，心境这样之坏，是为了什么?王认为是皇帝对皇十四子深感失望，仍旧想立二阿哥，而苦于无法自我转困，因而再度上奏，请释放二阿哥，话说得相当激切。
接着又有广西道御史陶彝，纠合同官十一人，包括陈嘉猷在内一起上奏，与王所作的请求，完全相同。
这一下，激起皇帝的震怒。
前后两次，事出一辙!头一次可以原谅他本心无他；第二次明知故犯，绝非偶然。
在皇帝看，是王有意不让他过几天舒服日子，存心捣乱。
其情可恶，其心可诛。
再也饶不得他了!于是皇帝在乾清门召集王公大臣，痛责王，植党希荣，而且提到他祖父王锡爵的罪过，他说：王锡爵在明神宗时，力奏建储。
泰昌在位未及数月，天启庸儒，天下大乱，至崇祯而不能守。
明朝之亡，锡爵不能辞其咎。
对王锡爵的指责，大致是不错的。
明末的史实，在当时信而有证，神宗万历十年八月皇长子生；十四年正月皇三子生，他的生母郑氏立刻进封为皇贵妃。
皇长子之母恭妃王氏，诞育元子，而未进封，显然无宠。
从来帝王之家，母以子贵，而子亦以母贵，皇之子之母既然得宠，便很可能以幼夺长，被立为太子，所以宰相申时行等，上疏请立元子为东宫。
皇帝拒绝，他的理由是皇后年纪还轻，尚未有子，倘如现在立了东宫，将来皇后生了嫡子，又将如何?以后数年，便常有请求建储的争议，到得万历二十一年，王锡爵从家乡省亲回朝，便全力推动此事。
皇帝支吾其词，想出各种办法来拖延，最后计穷力竭，迫不得已在万历二十五年立皇长子为太子。
此时共有五个皇子，除皇子封为福王以外，其余三子封为瑞王、惠王、桂王。
万历四十九年七月，皇帝宾天，即为神宗。
皇长子于八月初一即位，改明年为泰昌元年。
哪知这个皇帝资质下愚，在热孝之中，荒淫无度，以致即位十天，便得了病。
有个鸿护寺丞李可灼，私下进了一服丸药，自称是仙丹，其实是由妇人经水中提炼出来的红铅，乃是一种壮阳的春药。
皇帝服了一丸，觉得暖润滋畅，胃口大开，非常舒服。
哪知再进一丸，到了五鼓天明，呜呼哀哉!这天是九月初一，在位刚好一个月。
这就是当初宫闱三案中的红丸一案。
这个庙号光宗的皇帝既崩，皇长子即位，是为熹宗，宠信魏忠贤与乳媪客氏，搞得宫闱秽乱，丑不可闻，确是明朝亡天下的一个大关键。
康熙皇帝的意思是，倘非王锡爵极力主张立太子，则神宗虽然偏爱福王，但废长立幼，亦知臣下必然反对，不致贸然行事。
这样到了临终之前，择贤而立，明朝的气运又当别论了。
王莫非以为我是明神宗，没有主张，可以听任大臣摆布的昏君吗?皇帝疾言厉色地，我本来没有杀大臣的意思，哪知大臣自取其死，我也就无可如何了?你们传旨给王，叫他明白回奏!皇帝很少有这样震怒过，也很少以处死来威胁大臣，因而举朝失色，甚至没有人敢拿笔砚给王，仿佛这样一做，就会被误认为王的同党，牵连获罪。
王就在宫门待罪。
听侍卫传旨，要他回奏，却连纸笔都没有。
思量面奏，又惮于天威，怕言语失误，反为不妙，迫不得已只好老实说了。
无纸无笔，无从回奏，可否赐我方便?那侍卫于心不忍，替他找来一张纸，一枝笔，一锭墨。
王便伏在阶石上，用些唾沫将墨濡湿了，拿笔蘸了一蘸，写了一篇简单的奏疏。
他说：臣伏见宋仁宗为一代贤君，而晚年立储犹豫。
其时名臣为范镇、包拯等，皆交章切谏，须发为白。
臣愚，信书太笃，妄思效法古人，实未尝妄嗾台臣，共为此奏。
写完，由侍卫捧着呈上御前。
皇帝看他自己承认是个书呆子，心里的气消了些，不过，最后一点，却还须细查——唐朝设御使台，所以御史称为台臣。
王自辩，不曾嗾使陶彝等十二御史奏请建储，这话是真是假，当然要查。
查明王的话不假，同时建议同一事，只是巧合。
其时王大臣议奏：王及陶彝等十二人，应革职，从重议罪。
皇帝考虑下来，作了一个情理法兼顾的决定。
王跟陶彝等人的奏折，都说是为国为君，如今青海、西藏一带，正在用兵，如果是忠君，就应该有灭此朝食的决心。
这十三个人，可以暂缓议罚，照八旗满洲文官的例子，一律改委为额外章京，发往军前，交抚远大将军差遣，效力赎罪。
在文官来说，这等于变相的充军。
十二御史，尚在中年，王年将七旬，鬓眉苍苍，一旦到了大漠荒寒之地，必死无疑。
因此，皇帝又作了一个权宜的处置，命王的长子，正在当翰林的王奕清，代父从军。
王家兄弟很友爱，老二奕鸿正在澎南做粮道，得到这个不幸的消息，认为老父获罪，长兄出塞，自己何能恬然居官。
所以变卖了自己的产业，与奕清同行，成了一段佳话，号称十三忠臣一孝子。